自动化立体仓库的控制系统，在出入库台上有装载单元。搬运工具采用输送机、堆垛机。要求把装载单元放入指定的货位，在控制线路中采用微型开关和光电管来传输信息。

动作顺序是输送机工作后，堆垛机才能运动。通过传感器使输送机停止在指定位置后，堆垛机取走货物。这些机械的动作完全是按预先设计的动作顺序实现的。这个控制的特征是:从输入信号到输出信号都是按规定的顺序来传递控制命令的当满足了某个条件之后将传递下一个信号运动是自动进行的。一般情况下，程序控制在各个阶段反复进行起动和停止的动作，所以也叫做顺序控制方式。

所谓反馈控制，是将输出信号的一部分送回到输入端，与输入信号进行比较，用比较的结果去进行系统的控制。在日常生活中常用的程序控制有自动洗衣机、电饭锅、自动贩卖机、自动门、交通信号和电梯等。电熨斗、电气取暖炉电气冷藏车、空调和电视信号发生器等是采用反馈控制。实际上经常把程序控制和反馈控制结合起来，使用效果较好。

随着计算机的发展，高性能微型计算机广泛用于自动化立体仓库的程序控制中—微型控制器为自动化立体仓库开发的专用控制印制电路板集成了许多功能。

这种印制电路板的微型计算机系统成为自动化立体仓库的堆垛机的专用控制装置。它既有普通微型控制器的功能，又有信息处理和顺序控制的功能。这种微型控制器可装在堆垛机的控制盘上和地面控制盘上。这个系统由程序电路、逻辑电路和运算电路组成。其基本动作是把命令输入印制电路板中，通过一只读存储器调出必要的程序，悦黻根据各检测器的信号发出驱动程序的命令记忆了现在地址，在接收命令时通知计算出堆垛机行走距离。